Ganz neu bei Total War: Shogun 2 ist das Charaktersystem. Damit ist es möglich sich einen eigenen, personalisierten General für den Multiplayermodus zu erstellen.
Die Grafik wurde ebenfalls stark verbessert, so sieht Shogun 2 noch detailreicher und stimmiger aus als seine Vorgänger. Der aus Napoleon bekannte Koop-Modus, bei dem man zu zweit eine Kampagne spielt und die Drop-In-Gefechte sind ebenfalls wieder mit dabei.
Das KI-System wurde ebenfalls verbessert.  Die Feinde agieren nun noch schneller und gerissener als in den Vorgängertiteln.
Außerdem ist eine zweite Ressource hinzugekommen. In den bisherigen Total War-Titeln war Geld (Gold) die einzigste Ressource die man durch den Ausbau von bestimmten Gebäuden erlangen konnte. Neu ist bei Shogun 2, dass der Spieler nun auch die Nahrung im Blick haben muss. Nur mit Gold kann man dann doch kein Volk ernähren. Auch die Land- und Seegefechte sind im Detail überarbeitet und verbessert worden. Burgen sind nun bis zu fünfstufig, was die Belagerungsgefechte anspruchsvoller gestalten und neue Taktiken (Rückzug in andere Bereiche der Festung) ermöglichen soll. Das Gelände auf dem die Kämpfe ausgetragen werden sollte vom Spieler auch gut gewählt werden, je nach Tageszeit und Wetter ändern sich hier die Bedingungen, sonst kann der zurechtgelegte Plan schnell vom Feind zunichte gemacht werden. Man kann, wie bei den Vorgängern, Gebäude besetzten, jedoch können die Soldaten vom Gegner durch Feuer herausgetrieben werden.
Bei den Seeschlachten wurden Küstenschlachten hinzugefügt. Diese sind besonders anspruchsvoll, da man hinter Inseln in Deckung gehen kann, den Gegner auf Riffs, Sandbänke oder den Strand locken kann. Die Kartengrößen sind nun je nach Spielmodus unterschiedlich groß.

Neu hinzugekommen ist auch der sogenannte Hardcore-Spielmodus, mit dem Namen: "Legendär".
Das Verwaltungssystem von Shogun 2 wurde auch verbessert. Es ist nun viel einfacher das Reich zu verwalten und zu regieren. Die Provinzen sehen nun alle unterschiedlicher aus und haben nun auch unterschiedlichere Ausbaumöglichkeiten. Außerdem soll es einfacher sein, Truppen zu rekrutieren, Diplomatie zu betreiben und das Gefolge zu verwalten. Gerade in dem Breich der Diplomatie gibt es neue Funktionen und Möglichkeiten mit den Gegnern zu agieren.
Jede Funktion wird in sehr aufschlussreichen Tutorials erklärt, die dem Spieler die Geheimnisse der Steuerung und der Kampagnenkarte nach und nach verraten.